Microsoft советует использовать разные каталоги для хранения защищаемых и общедоступных документов (например C:\Inetsrv\Wwwroot\Secure-Content и C:\InetsrvWwwroot\Public-Content ).

Храните файл личных ключей в безопасном месте на случай, если он понадобится в будущем. Лучше всего скопировать файл личных ключей на дискету и удалить его из локального компьютера после завершения всех процедур установки. Не забудьте пароль, присвоенный этому файлу.